As ações relacionadas à vigilância epidemiológica desenvolvidas pela CIDASC, desde sua criação, contribuíram para a conquista de um status sanitário diferenciado, que culminou com o desenvolvimento do setor agropecuário de Santa Catarina, através da abertura de mercados internos e externos.

Desde o ano de 2007, o Estado de SC possui reconhecimento de “Livre de Febre Aftosa Sem Vacinação” pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE), sendo um dos poucos territórios sul-americanos a possuir este status sanitário. Além deste reconhecimento, Santa Catarina é considerada também livre de Peste Suína Clássica (PSC), sendo a última ocorrência registrada da doença no estado, em 1990 e de Peste Suína Africana (PSA), em 1981. Destacam-se, ainda, as baixas prevalências de doenças importantes para a saúde pública como a brucelose e a tuberculose. Na avicultura comercial, a última ocorrência da doença de Newcastle foi em 1984 e a Influenza Aviária Altamente Patogênica é considerada exótica.

Em 2010, iniciou-se uma nova modelagem do setor que culminou com a criação do programa estrutural, com o objetivo de dar apoio aos demais programas sanitários, bem como reunir as informações epidemiológicas dos mesmos.